根据《密特罗德究极1-3 视觉艺术集》披露的内容，系列制作人田边贤辅在新书中揭示了《银河战士Prime》开发过程中，开发商Retro Studios与任天堂因设计理念差异产生的多次交锋。
回溯开发历程，Retro Studios最初正在推进名为《MetaForce》的第一人称游戏项目，其引擎技术实力获得任天堂资深制作人宫本茂的赏识，从而争取到开发《银河战士》新作的契机。不过项目启动后，双方在具体设计方向上持续产生摩擦。
田边贤辅在书中坦言，Retro团队常以"西方工作室开发模式差异"为由坚持己见，而任天堂方面则反复强调这是"任天堂游戏"，必须遵循既定的开发标准。"我向他们明确表示，这是Retro首次参与任天堂项目。基于我在任天堂积累的开发经验，希望他们能信任我们的专业判断。"田边在回忆录中如是写道。
尽管最终决策权归属于任天堂，但Retro仍在部分创新设计上成功获得认可。其中最显著的是"球形态"下采用的第三人称视角切换机制，以及通过半管结构实现角色滚动的设计，这些创新后来都成为该系列的经典特征。
不过任天堂方面也坚持否决了部分提案。宫本茂亲自驳回了"跳过变形时间"的功能选项，认为该设定会打乱游戏的核心节奏。
田边回忆开发过程中的沟通场景时提到："关于机械利德雷的战斗设计讨论尤为激烈，我们曾通过视频会议从清晨持续争论到日暮才达成共识。"
《银河战士Prime》最终于2002年在GameCube平台推出，该作品不仅成为系列发展的重要转折点，也被业界视为任天堂与国际工作室成功协作的典范之作
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